在软件著作权（简称“软著”）申请过程中，保护商业秘密是至关重要的一环。商业秘密作为企业的核心竞争力之一，其泄露会导致企业遭受重大损失。因此，在软著申请时，采取有效措施保护商业秘密显得尤为重要。

1.明确商业秘密范围。

这通常包括未公开的技术信息、经营信息以及客户资料等。在软著申请前，企业应对软件作品进行全面审查，识别并标记出其中的商业秘密部分，以便在申请过程中采取针对性保护措施。

2.限制接触范围。

软著申请涉及多个环节，包括材料准备、提交、审查等。在这些环节中，应严格控制接触商业秘密的人员范围。仅允许必要的、经过培训并签署保密协议的人员接触商业秘密。此外，对于接触商业秘密的每一环节，都应建立严格的审批和记录制度，确保商业秘密不被泄露。

3.加强内部管理。

企业应建立完善的商业秘密保护制度，明确保密责任、保密措施和保密纪律等。通过定期培训、保密检查等方式，提高员工的保密意识和保密能力。此外，企业还应设立专门的保密机构或指定专人负责商业秘密的保护工作，确保各项保密措施得到有效执行。

4.审慎选择受托人。

如果企业选择将软著申请工作委托给第三方机构或个人办理，那么在选择受托人时应格外谨慎。企业应选择具有良好信誉、专业能力和保密意识的受托人，并与其签订严格的保密协议。在委托过程中，企业应明确告知受托人商业秘密的范围和保密要求，并监督其执行情况。

5.采用技术手段保护。

企业可以采用加密、访问控制、数据隔离等技术手段对商业秘密进行保护。例如，在软著申请材料中涉及商业秘密的部分，可以使用加密软件进行加密处理；在存储和传输商业秘密时，可以采用安全可靠的通信协议和加密技术；在共享商业秘密时，可以设置严格的访问控制权限等。

6.及时维权。

一旦发现商业秘密被泄露或遭受侵犯，企业应立即采取措施维护自身权益。这包括收集证据、评估损失、与侵权方协商解决或向有关部门报案等。此外，企业还应加强与法律机构的合作，借助法律手段打击侵犯商业秘密的行为。